L'île de Zembra abrite l'une des plus importantes colonies de puffin cendré Calonectris diomedea diomedea de Méditerranée. De ce fait, la conservation de cette richesse, passe impérativement par le suivi régulier de l'état de santé de cette colonie, en particulier à travers le suivi du succès de la reproduction.
Le succès de la reproduction a évolué depuis 2007 (0,35 jeune par couple pour 263couples nicheurs contrôlés) vers 0,53 jeunes pour 169 nids occupés sur un totale de 209 nids controlés en 2008 (résultats préliminaires).
D'autres espèces de cette archipel ont fait l'objet d'une attention particulière,notamment le puffin Yelkouan et le goéland d'Audouin de l'îlot de Zembretta : ainsi lesuccès de reproduction de la colonie de puffin yelkouan de cette île avoisinerait 0,86jeune à l'envol / couple, alors que celui du goéland d'audouin serait de 0,97 jeune àl'envol/couple